Kompetisi Sains Madrasah (KSM) adalah sebuah ajang berkompetisi dalam bidang sains yang diselenggarakan oleh Kementerian Agama Republik Indonesia.
Kompetisi Sains Madrasah diselenggarakan mulai dari tahun 2012 hingga tahun 2017 dilakukan secara konvensional dan pelaksanaan Kompetisi Sains Madrasah berbasis teknologi dimulai sejak tahun 2018 sampai dengan sekarang.
Proses pendaftaran dan seleksi administrasi hingga pelaksanaan tes memanfaatkan Teknologi Informasi guna meningkatkan akuntabilitas dan transparansi dalam pelaksanaan kompetisi.

Kompetisi Sains Madrasah Online 2020 hanya dibuka untuk Satuan Pendidikan dibawah naungan Kementerian Agama RI yaitu madrasah mulai dari Madrasah Ibtidayah (MI), Madrasah Tsanawiyah (MTs) dan Madrasah Aliyah (MA)
Peserta selain dari Madrasah yang melakukan pendaftaran Kompetisi akan didiskualifikasi oleh Panitia .