Vegetasi di lingkungan SMA Negeri Kroya terdiri dari berbagai jenis. Terdapat lebih dari 166 spesies tanaman yang dapat ditemukan. Vegetasi di SMA Negeri 1 Kroya dimanfaatkan untuk berbagai tujuan di antaranya untuk penghijauan, tanaman hias, tanaman koleksi/konservasi dan juga untuk pendidikan.
Tanaman vegetasi terdiri atas pohon maupun non-pohon yang tersebar di seluruh kawasan SMA N 1 Kroya seperti di lapangan upacara, laboratorium tanaman langka, taman monumen Jenderal Soedirman, selasar kelas, taman kelas, taman kantin, kebun TOGA dan warung hidup, green house, maupun sebagai tanaman indoor. Tanaman pohon di SMAN 1 Kroya memiliki variasi usia mulai dari usia 1 tahun hingga 40 tahun.
Proses inventarisasi vegetasi SMA N 1 Kroya masih terus berjalan dan dilaksanakan oleh kader penghijauan, kader Green house, serta kader TOGA dan warung hidup bersama pembina kader sehingga masih banyak vegetasi yang dapat ditambahkan dalam daftar inventaris di atas. Semua warga sekolah bertanggungjawab atas kelangsungan kehidupan vegetasi di sekolah mulai dari kegiatan penanaman, perawatan, dan pembibitan.
